在选择治疗消化系统疾病的医疗机构和专业医师时，患者应谨慎考虑以下几个关键因素：

1. 资质认证：首先，确保医疗机构具有合法的经营许可证，并且所有医生都具备相应的执业资格证书。这些信息通常可以在当地卫生部门的官方网站上查询到。

2. 医疗设施和技术水平：先进的医疗设备和专业的医疗服务是保证治疗效果的重要条件。患者可以通过访问医院官网或直接咨询医护人员来了解医院的硬件设施和技术实力。

3. 医生的经验和专长：选择一位经验丰富且专注于消化系统疾病治疗的医生至关重要。可以查阅医生的简历，看看他们是否发表过相关领域的论文或者是否有成功处理复杂病例的经验。

4. 患者的评价和满意度：通过互联网平台或其他渠道收集其他患者对医疗机构和医生的评价，可以帮助判断其服务质量。但是要注意信息的真实性和客观性。

5. 个人需求匹配：每位患者的病情都不相同，因此个性化的治疗方案非常重要。在与医生沟通时，应该充分表达自己的症状和期望，以便找到最适合自己的治疗方式。

6. 地理位置和服务便利性：考虑到就医的便捷性，可以选择离家较近或有交通优势的医疗机构。此外，医院提供的预约挂号、在线问诊等服务的便利性也需要考虑在内。

7. 费用透明度：医疗费用应该是公开透明的，患者有权提前知晓所有的收费项目及标准。避免因为不合理的收费而造成经济上的负担。

8. 医患沟通的重要性：良好的医患沟通有助于建立信任关系，使患者能够更好地理解治疗计划并与医生合作。选择愿意花时间解释病情和治疗方法的医生更为理想。

综上所述，选择合适的医疗机构和专业医师是一个综合考量过程，需要结合个人的实际情况做出明智决策。通过上述步骤，患者可以更有信心地接受治疗，从而获得更好的疗效和生活质量。